Причиной появлений этой ошибки может быть отправка неверного или слишком большого запроса. Если mysqld получает слишком большой пакет или же неверный пакет, он в целях безопасности закрывает соединение с пользователем.
Чтобы разрешить отправку больших запросов надо скорректировать значение переменной max_allowed_packet в /etc/mysql/my.cnf:
[mysqld]
...
max_allowed_packet = 128M
...
и перезапустить mysqld (service mysqld restart) или залогиниться в консоль mysql с привелегиями суперпользователя и выполнить команду, чтобы не перезапускать сервер:
set global max_allowed_packet=128*1024*1024;