Да, иногда такие сообщения сыпятся в консоль, это может случаться и на реальном железе, и в виртуалках, причина — «откат» системного времени назад, и, в резульатате рассинхронизация работы некоторых процессов.
Причины могут быть в кривом NTP, с которым синхронизируется машина, а может быть и в кривоватом железе.
Итак, варианты лечения:
# echo "kern.hz=\"100\"" >> /boot/loader.conf && reboot
хотя лучше, если значение этой переменной кратно ^2 ;) 128 рулит.
# sysctl kern.timecounter.hardware=TSC
или
# sysctl kern.timecounter.hardware=i8254